Sau khi tiến hành điều tra, Bộ Công an quyết định khởi tố thêm ông Kiên về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản và Cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, trốn thuế. Bầu Kiên bị bắt là một tin tức gây chấn động dư luận lúc bấy giờ.
Liên quan tới vụ án của chồng, bà Lan vốn là Tổng giám đốc Công ty B&B, nơi mà chồng bà đã dùng để thực hiện một loạt các hoạt động kinh doanh trái pháp luật của mình. Tuy nhiên, trong thời điểm ký hợp đồng này bà Lan đang nghỉ chuẩn bị sinh con nhỏ, không biết và không tham gia gì vào việc chỉ đạo hoạt động kinh doanh của công ty. Cơ quan cảnh sát điều tra đã quyết định không xử lý hình sự đối với Đặng Ngọc Lan.
Sau khi bầu Kiên bị bắt VFF đã làm công văn yêu cầu CLB BĐ Hà Nội cử người thay thế bầu Kiên. Bản thân GĐĐH Lê Khắc Chính trước báo giới khi đó thừa nhận: “Đội bóng này là của bầu Kiên, không ai có thể thay thế. Chúng tôi không thể đáp ứng yêu cầu của VFF, trừ khi nhận được chỉ thị từ bầu Kiên”.